“学科”和“专业”这两个词在高等教育中用得十分频繁，却又很难说得清楚。在许多场合，人们往往把它们混为一谈，甚至“学科专业”合并成为一个词，但在另外一些时候，又把它们对立起来。有人说要“强化学科、淡化专业”，也有人说要“强化专业、淡化学科”，如此等等，莫衷一是。只有把“学科”和“专业”等概念搞清楚，才能避免认识上的误区，为高校的改革转型和内涵发展寻找正确的路径。
从根本上说，学科与知识的分类有关。随着知识的不断丰富，为了提高知识创新的效率，人们划分了诸如数学、法学、医学等各种各样的学科。在表现形态上，学科往往是单一的。虽然存在学科交叉现象，学科交叉的结果往往就是产生新的学科，例如化学与生物学的交叉产生生物化学，但是所产生的新学科仍然是一个单一的学科。一定程度上，学科也是相对稳定的，学科的产生和消亡通常需要很长的时间。
专业与学科不同。专业与社会的职业需求有关，是社会的职业分类在高校人才培养中的表现。
在高等教育发展的很长一段历史时期里，学科与专业在划分上是基本一致的。随着高等教育大众化的推进，专业与学科渐行渐远，最终分道扬镳。
在精英高等教育阶段，毛入学率极低，就业人口中高校毕业生的比例也极低。精英高等教育阶段培养的基本上是学科型（或者学术型）人才，而非应用型人才。精英高等教育阶段的高校毕业生从事的工作大体上与学科发展相关，高校的专业设置和人才培养也基本上按照学科体系进行。
在大众高等教育阶段，应用型人才的培养必须是多样的。随着高等教育规模的扩张，高校毕业生在就业人口中的比例日益扩大，绝大多数毕业生必须在各行各业的第一线岗位中寻找就业机会，从事的职业基本上都与具体的实际问题相关。高校就要根据社会需求设置多种多样的专业，培养多品种的应用型人才。
应用型人才的培养还应该是动态的。由于社会的进步和技术的发展，社会的职业需求也处于不断的发展变化之中，而且这种变化的速度越来越快。不少职业成为过眼烟云，更多的职业在市场竞争中扑面而来。高校的专业设置就不能一成不变，而是应该对社会职业需求的变化做出及时的响应。
应用型人才的培养往往又是复合型的。今天我们遇到的应用性问题十分复杂，往往会涉及多个学科的知识和技能，而学科分类的细化又使多学科合作解决实际问题的情况更加普遍。高校跨学科设置专业，培养复合型人才就成为一种必然的趋势。事实上我们已经有许多专业，例如动漫、社会工作、工业设计等，都是明显的复合型。
因此，在大众高等教育阶段，应用型人才培养具有十分明显的多样性、动态性和复合性，由此决定了相应高校的专业不再面向学科，而是面向职业。与学科相比，专业的品种更加丰富多彩，专业的变化更加与社会同步，专业也更加呈现出跨学科特点。高校必须在教育资源十分有限的条件下，改革学术资源的配置模式，在专业的设置、调整和运行中努力提高资源的利用效率，从而实现高效率、高质量应用型人才的培养。
厘清了学科与专业之间的差别、明确了两者在应用型人才培养中各自扮演的角色和承担的责任后，我们就可以找到高校向应用型人才培养转型的入口，从而进行高校基层学术组织的重构、优化学术资源的配置、推动高校向大众高等教育的转型。
